植物园内高低起伏的樱花林，人性化的赏樱大道，都能让游客多角度观赏到樱花的婀娜花姿。日本樱花林下点缀了与樱花花期相近的梅花晚花品种“美人梅”，还有黄白相间的洋水仙和紫色的葡萄风信子，错落有致，相映成趣。樱花林位于湖边，不少樱花树临水而栽。随风飘落的花瓣在身边飞舞，缓缓地落在地上、水面上，煞是好看。在1933年，日本植物学小泉源一的报告，染井吉野Prunus×yedoensis起源于韩国的济州岛（Quelpaert）。在1916年，Ernest Henry Wilson（植物学家欧内斯特·亨利·威尔逊）认为，日本樱花染井吉野是两个野生种日本樱花的杂交种。在1995年，DNA图谱识别技术用于鉴定在日本许多地方种植的樱花，表明染井吉野P.×yedoensis确实是P. lannesiana（大岛樱）和江户彼岸P.pendula（Edohigan）的杂交后代。证实岩崎文雄关于染井吉野Prunus×yedoensis这个物种在1720至35年左右在江户（东京丰岛）染井村起源于的人工选育的观点。1991年在比较韩国和日本的樱花所进行的最近的研究，为染井吉野Prunus×yedoensis得出结论，这两个地方的原生樱花，可以归类为不同的物种。目前，朝鲜的物种尚未得到科学的名称。但也有学者根据遗传分析的结果，认为染井吉野樱是由大岛樱和小松乙女樱杂交产生。尚无一定论，日本樱花的一个重要栽培品种，分别继承了两者花朵大和先花后叶的特点。

染井吉野樱最初为江户末期至明治初期当时江户染井村的造园师和植物培育师杂交培育而成，为了便于贩卖特地取了吉野樱这个名字。染井吉野樱之前的名称为吉野樱，吉野樱的“吉野”一词源自日本奈良县的吉野山，吉野山在日本明治时期作为全国的樱花赏花胜地闻名遐迩。但是吉野山上的樱花品种为山樱，为另外一个物种。为了避免引起歧义，1900年当时身为帝室博物馆(现东京国立博物馆)天产部职员的博物学者藤野寄命，在实地走访调查后特将名字改为“染井吉野”。第二年的1901年，东京帝国大学教授松村任三对染井吉野樱进行系统性命名其学名为Prunus yedoensis花期3月中旬，单瓣花，淡粉红色，4～5朵花形成总状花序，萼片及花梗上有毛。树形高大，可达10～15米。